・mysql_secure_installation は UNIX ドメインソケットを設定できないため、個別の MySQL に対して mysql_secure_installation を実行することができません。
解決策としては、
ln -s /var/lib/mysql/mysql-db1.sock /var/lib/mysql.sock
/usr/bin/mysql_secure_installation
rm -f /var/lib/mysql/mysql.sock
リンクを貼って、個別にやる！